Marie Heineken woonde en werkte vrijwel haar gehele leven in Amsterdam. Haar schildersopleiding kreeg zij in de jaren 1870 in de avond-damesklas van de Rijksacademie. Eén van haar leermeesters was August Allebé, een kunstenaar die zijn vrouwelijke leerlingen actief hielp om zich te ontwikkelen als zelfstandig kunstenaar.
Marie Heineken werkte impressionistisch. Ze schilderde vooral bloemstillevens. Stadsgezichten van haar hand zijn zeldzaam. Haar manier van werken doet denken aan de schilder Willem Witsen, behorend tot de groep der Tachtigers. Ze is naamgeefster van het Marie Heinekenplein, achter de Heineken brouwerij aan de Ferdinand Bolstraat in De Pijp. Ze was een volle nicht van Gerard Adriaan Heineken, oprichter van de brouwerij.